1910年,他接受美国雅礼会的聘请,在湖南长沙雅礼医院任外科医师,在此期间,曾为杨开慧烈士诊治过疾病(中华人民共和国成立后毛泽东同志接见他时还提及此事)。1914年,他创办长沙湘雅医学专门学校(湖南医科大学前身),任第一任校长。他在医疗工作中深感预防医学的重要,决心从临床医学转向公共卫生学。1914年再度赴美进哈佛大学公共卫生学院攻读,获公共卫生学证书。1915年与伍连德等发起组建中华医学会,并任第一届会长。1926年任北京协和医学院副院长。1927年10月创办第四中山大学医学院(不久先后改称江苏大学医学院和中央大学医学院,1932年改称国立上海医学院),并任第一任院长。1928年7月创建吴淞卫生公所。1937年8月13日,日本帝国主义大举进犯上海,中国守军奋起浴血抗战,颜福庆奋起组织医疗救护队,并任上海市救护委员会主任委员。1938—1939年任武汉国民政府卫生署署长。1949年,上海解放,国立上海医学院由上海军事管制委员会接管,并成立临时管理委员会,颜福庆任副主任委员。1951年,国立上海医学院改组,颜福庆被任命为副院长。1952年,学校改名为上海第一医学院。这期间,颜福庆和学校的广大师生到上海市郊、嘉定、嘉兴等地为人民解放军突击诊治血吸虫病和核黄素缺乏症,取得很大的成绩。 后来,他亲眼看到祖国的医药卫生事业在党的领导下,得到了飞速发展。以上海第一医学院的发展来看,就远远超过他早年梦寐以求的以上海医学院及中山医院等附属医院为基础而建立“上海医事中心”的设想。他深深地认识到自己的愿望只有在中国共产党领导下的新中国才能成为现实。这些铁一般的事实,使得他精神振奋,勤勤恳恳地埋头工作。由于他的工作成绩卓著,1957年受到卫生部的嘉奖。颜福庆积极提倡捐献遗体,早在1960年他就嘱咐亲属,在他去世后将遗体提供给学校作解剖之用。后来他逝世时正值“文化大革命”期间,他的愿望未能实现,但这 种精神是值得学习的。他到晚年,还始终坚持参加学校内外的各种会议和各项社会活动。他曾任第一、二、三届全国人民代表大会代表,第二届全国政协委员,九三学社中央委员兼上海分社副主任委员,中华医学会名誉副会长和基督教三自爱国运动委员会委员。 在“文化大革命”期间,颜福庆受到“四人帮”的残酷迫害,使他卧病不起,含冤与世长辞。粉碎“四人帮”以后,中共上海市委、上海第一医学院党委为他彻底平反昭雪,恢复名誉,并举行了隆重的追悼会,骨灰安放在龙华烈士陵园“革命干部骨灰存放室”。他的一生,关心人民健康,提倡“预防为主”,严谨治学,热爱祖国,热爱科学,坚韧不拔,艰苦创业,始终不渝献身医学教育,桃李芬芳,德高望重,世人敬仰。他创办的事业,在党的领导下,正以新的面貌,朝着新的、更高的水平发展。