建筑工程结算中甲供材料的扣除方式如下:建筑工程结算中,甲供材结算的时候按原价扣除,其他费用不扣除。扣除的原则:应该以计入预算造价时的材料预算价格作为扣除甲供材料的价格标准。国家标准GB50500—2003《建设工程工程量清单计价规范》中明确规定:甲供材料应计入投标报价中,并在综合单价中体现。甲供材料的产生主要有以下几种原因:一是甲方预测某些材料涨价,利用自身的资金和信息方面的优势,在开工前已采购贮存;二是甲方本身是建材生产厂家;三是甲方与建材生产厂家或建材商有业务等各方面的密切关系;四是甲方为确保工程材料质量,亲自把关供应;五是为防止承包方以次充好,挪用材料预付款或备料款,保证及时供应材料,不致因材料供应不及时而影响工期和质量。