【简单来说】鼻咽拭子和口咽拭子最大的区别就是取样的位置不同。一个是口咽部，另一个是鼻咽部。在临床试验中相对来说鼻咽部的阳性率要高于口咽部。但是鼻咽部取样的时候操作要求比较高，动作要相对的轻柔。当然有些鼻腔结构异常的，可能在全过程中更加的痛苦，此外，站在患者侧面的鼻拭子采样，风险低于站在患者正面的咽拭子。采集咽拭子标本，需行三级防护，在采样的过程中被采样者可能因为咽部不适会突然恶心、咳嗽等，造成飞沫飞溅。即便有些采集咽拭子标本的工作场地被安排在室外，以保证有效通风，但仍不能保证此项操作的高风险性。而鼻拭子采样，可站在患者侧面，并且避开了被患者敏感的咽反射的触发（常表现为恶心反应，严重者可出现呕吐，其触发区域为咽后壁、舌根和双侧腭弓）。所以现在普查更多采取口咽拭子，降低操作难度；鼻咽拭子更多用于密切接触史、有症状的患者，以提高确诊率、降低医护人员感染风险。
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