UAG、UAA、UGA是终止密码子。相应的DNA上的终止密码子序列是TAG、TAA、TGA。
终止密码子又称“无意义密码子”。不编码任何氨基酸的密码子，如UAA，UAG和UGA。当肽链延长到这3个密码子的任何一个时，即行停止，从而使已合成的多肽链释放出来，因此终止密码子相当于1个停止信号。
关键破译
直到1965年Weigert,M.和Ggaren,A由碱性磷酸酶基因中色氨酸位点的氨基酸的置换证明E.coli中无义密码子的碱基组成揭示了琥珀和赭石（ochre）突变基因分别是终止密码子UAG和UAA。当时64个密码中的61个已破译，只留下了UAA、UAG 和UGA有待确定。
Garen等为了鉴定无义密码子采用了和Brenner相似的策略。他们从E.coli的碱性磷酸酯酶基因（pho A）中的一个无义突变品系中分离了大量的回复突变株，然后来探察每一个无义突变中在多肽中相当于已回复的无义密码子位置上的氨基酸究竟是什么氨基酸。
可以看出无义密码子是从该基因的色氨酸位点的密码子产生的。在回复突变中，无义密码子变成了Trp、Ser、Tyr、Leu、Glu、Gln和Lys的相应密码子。仅有Trp的UGG变成UAG，然后在此基础上回复突变成7种氨基酸，因此Trp 产生的无义突变的密码子就是UAG。
最后1967年Brennr和Crick证明UGA是第三个无义密码子。根据无义突变的三种昵称，三个终止密码子UAA叫赭石（ochre）密码子（相应于赭石突变）；UAG叫琥珀密码子（相应于琥珀突变）；UGA叫蛋白石（opal）密码子（相应于蛋白石突变）。
最近研究发现线粒体和叶绿体使用的遗传密码稍有差异，线粒体和叶绿体的终止密码子有四个，是UAA，UAG，AGA，AGG。
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