选哪个注册就看需要在哪里工作了。首先乡村全科执业助理医师虽然含有全科，但是注意前提是乡村，因此注册被限制于村卫生室和乡镇卫生院，是不能在城市医院使用的，而执业助理医师是全国都可以注册的。所以假如你只在乡镇卫生院或者村卫生室工作，那么有一张乡村全科执业助理医师证是可以看全科的。这一点是比执业助理医师注册一个科有优势。
主要区别如下：
乡村全科执业助理医师就是给现在的乡村医师起了一个比较华丽的名字。
助理医师证
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