1952年，市卫生局组织个体从业中医师55人，中药士24人，其他从业人员108人，集资7万元，成立中医联合诊所10个。1953年1月9日，成立临时党支部，魏布言任支部书记。6月1日，医院改称黑龙江省中医院，为全民所有制，工作人员实行工资制。院长张文波。人员增至51人，其中卫生技术人员46人，设中医内科、妇科、儿科。 1954年，黑龙江省与松江省合并为黑龙江省，黑龙江省中医院移交齐齐哈尔市，改称齐齐哈尔市中医院，同时医院接收了黑龙江化学制药厂厂部，医院占地面积增至1100m2。医院正式成立党支部，魏布言任书记。有人员84人，其中卫生技术人员61人，设科室5个。 1955年，徐德发调入接替魏布言任支部书记。 1956年3月22日，市人民委员会决定医院改称市第五医院，并将院址迁至建华区兴隆街3号（原工人医院）称第二门诊部，原址为第一门诊部。同年，陈景河的市联合中医院（由陈景河的市第一中医诊所和张揆一的第五中医诊所合并而成）、杨乃儒的市中医第九联合诊所、石东明的中医诊所先后并入医院。 1957年6月，医院又改称市中医院。 1966年，医院改称市第三医院。党支部升格为党总支，陈德明任党总支书记。 1968年12月，医院与市商业职工医院合并，称市第三医院，门诊部由兴隆街迁至铁锋区平安南街（原第二医院院址），原商职医院为住院部。有人员374人，床位300张。 1974年12月，与商业职工医院分开，仍沿用市第三医院称谓。 1979年，2月，医院升格为副县团级单位。5月，成立医院党委，李荫森任党委书记。11月，根据省委文件精神，省编委、省卫生局确定医院称齐齐哈尔市中医医院。 1993年，党委书记曹永文，院长郝国勋。医院通过了三级甲等中医医院评审验收。 1995年，医院成为全国百家示范中医医院。 2001年，医院升格为正县级事业单位，医院党委书记兼院长曹永文。 2003年，医院举行了首届行政首长选举，陈宏成为医院党委书记兼院长。 2005年，经过产权制度改革，成立医院董事会。 2009年，医院决定建设的（南苑）门急诊病房综合楼被市政府列入年度29件大事之一并于当年奠基。 2010年1月，陈宏借鉴现代企业管理制度，成立了以二级法人管理为基础的、由分支机构组成的、以董事会为核心的集团化管理机构，组建齐齐哈尔市中医医院（集团），并将医院分为医院北区（医院现址）、医院南区（南苑在建部分）等12个分支机构。
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