1，层级上：省税务局是市税务局的上级领导机关，像省政府领导市政府一样。
2，业务上：办企业要到企业工商登记所在地的税务机关办理，一般是镇一级的税务分局或税务所。以个体工商户为例，一般从事商业销售、工业生产加工的，国、地税都要办，以国税为主营，开增值税发票；从事饮食、娱乐、服务等就只办地税，以地税为主营，开具地税发票。
3，领导管理体制也不同：
（1）国家税务局系统实行国家税务总局垂直管理的领导体制，在机构、编制、经费、领导干部的职务审批等方面按照下管一级的原则，实行垂直管理；
（2）省级地税局受省级人民政府和国家税务总局双重领导，省级以下地税系统由省级地税机关垂直领导，地方税务系统的管理体制、机构设置、人员编制按地方人民政府组织法的规定办理。
4，国税局和地税局负责征收的税种不同：
（1）国税局系统负责征收和管理的项目有：增值税、消费税（其中进口环节的增值税、消费税由海关代征），车辆购置税，铁道部门、各银行总行、各保险总公司集中缴纳的营业税、企业所得税和城市维护建设税.
（2）从2009年起，以下新增企业的企业所得税由国税局征收：应当缴纳增值税的企业、企业所得税全额为中央收入的企业，在国家税务局缴纳营业税的企业、银行（信用社）、保险公司，外商投资企业和外国企业常驻代表机构，在中国境内设立机构、场所的其他非居民企业。
（3）地税局系统负责征收和管理的税收有：营业税、企业所得税、个人所得税、资源税、印花税和城市维护建设税（不包括上述由国税局负责征收管理的部分）、房产税、城镇土地使用税、耕地占用税、契税、土地增值税、车船税、烟叶税。
国家税务局主要职责：
1，具体起草税收法律法规草案及实施细则并提出税收政策建议，与财政部共同上报和下发，制订贯彻落实的措施。负责对税收法律法规执行过程中的征管和一般性税政问题进行解释，事后向财政部备案。
2，承担组织实施中央税、共享税及法律法规规定的基金（费）的征收管理责任，力争税款应收尽收。
3，并提出运用税收手段进行宏观调控的建议。
4，负责组织实施税收征收管理体制改革，起草税收征收管理法律法规草案并制定实施细则，制定和监督执行税收业务、征收管理的规章制度，监督检查税收法律法规、政策的贯彻执行，指导和监督地方税务工作。
5，负责规划和组织实施纳税服务体系建设，制定纳税服务管理制度，规范纳税服务行为，制定和监督执行纳税人权益保障制度，保护纳税人合法权益，履行提供便捷、优质、高效纳税服务的义务，组织实施税收宣传，拟订注册税务师管理政策并监督实施。
6，组织实施对纳税人进行分类管理和专业化服务，组织实施对大型企业的纳税服务和税源管理。
7，负责编报税收收入中长期规划和年度计划，开展税源调查，加强税收收入的分析预测，组织办理税收减免等具体事项。
8，负责制定税收管理信息化制度，拟订税收管理信息化建设中长期规划，组织实施金税工程建设。
9，开展税收领域的国际交流与合作，参加国家（地区）间税收关系谈判，草签和执行有关的协议、协定。
10，办理进出口商品的税收及出口退税业务。
11，对全国国税系统实行垂直管理，协同省级人民政府对省级地方税务局实行双重领导，对省级地方税务局局长任免提出意见。
12，承办国务院交办的其他事项。
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