南宁市国家税务局直属机构2个，分别是稽查局、车辆购置税征收管理分局。稽查局级别为副处级，车辆购置税征收管理分局级别为正科级。另跨行政区划设置第一稽查局、第二稽查局、第三稽查局，级别均为正科级。（1）稽查局组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对年度检查计划确定的重点税源企业和税务违法案件的稽查、审理、执行工作；贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收举报案件的受理、转办或初查、检查；对下级税收检查情况进行复查复审；负责与公安、检查、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查作；负责对全市的检查计划、大要案件稽查、税收专项检查进行统筹管理。南宁市国家税务局稽查局内设机构为8个（副科级），分别是：办公室、综合选案科、检查一科、检查二科、检查三科、案件审理科、案件执行科和举报中心。南宁市国家税务局跨行政区划设置第一、第二、第三稽查局。其内设机构分别为7个，分别为:办公室、综合选案股、检查一股、检查二股、检查三股、案件审理股、案件执行股，级别为正股级。（2）车辆购置税征收管理分局组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作；协助车辆税收一体化管理工作；对核定各类车辆最低计税价格提出建议；管理领取的车辆购置税票证。车辆购置税征收管理分局内设5个股，分别是：办公室、综合业务股、征收股、管理股、票证股。
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