《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号） 附件3：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》：
一、下列项目免征增值税
（七）医疗机构提供的医疗服务。
医疗机构，是指依据国务院《医疗机构管理条例》（国务院令第149号）及卫生部《医疗机构管理条例实施细则》（卫生部令第35号）的规定， 经登记取得《医疗机构执业许可证》的机构 ，以及军队、武警部队各级各类医疗机构。具体包括:各级各类医院、门诊部(所)、社区卫生服务中心(站)、急救中心(站)、城乡卫生院、护理院(所)、疗养院、临床检验中心，各级政府及有关部门举办的卫生防疫站(疾病控制中心)、各种专科疾病防治站(所)，各级政府举办的妇幼保健所(站)、母婴保健机构、儿童保健机构，各级政府举办的血站(血液中心)等医疗机构。
本项所称的医疗服务，是指医疗机构按照不高于地（市）级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格（包括政府指导价和按照规定由供需双方协商确定的价格等）为就医者提供 《全国医疗服务价格项目规范》 所列的各项服务，以及医疗机构向 社会 提供卫生防疫、卫生检疫的服务。
依据以上税法规定，医疗美容医院提供医疗美容服务，应该按照医疗服务，适用6%税率征收增值税。只有 经登记取得《医疗机构执业许可证》的机构， 按照不高于地（市）级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格为就医者提供 《全国医疗服务价格项目规范》 所列的服务的，才能享受增值税免税优惠政策。
《西部地区鼓励类产业目录（2020年本）》，“二、西部地区新增鼓励类产业”中，将“医疗机构经营”纳入西部大开发股利类产业，享受15%企业所得税优惠税率。
依据《财政部 税务总局关于实施小微企业普惠性税收减免政策的通知》（财税〔2019〕13号）：
二、对小型微利企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税;对年应纳税所得额超过100万元但不超过300万元的部分，减按50%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。
上述小型微利企业是指从事国家非限制和禁止行业，且同时符合年度应纳税所得额不超过300万元、从业人数不超过300人、资产总额不超过5000万元等三个条件的企业。
医学美容医院提供的医美服务分为手术类医疗美容和非手术类医疗美容。同时，普遍存在化妆品、面膜等销售行为以及美容等非医疗服务行为。存在未如实申报增值税应税项目的收入的问题。
依据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》 财税〔2016〕36号附件3第一条第（七）款的规定，医疗机构提供的医疗服务享受免征增值税优惠政策。对于针对个别客户少量零星的化妆品销售行为及非医疗服务，应依法缴纳增值税。
在中小型医疗美容机构中较多存在通过私账隐匿部分收入不申报纳税的情形。
一些医疗美容机构可能存在将员工部分工资薪金通过私账发放，少代扣代缴个人所得税，员工少申报缴纳个人所得税的问题。
医疗美容公司通常会购买礼品赠送客户，存在未视同销售纳税的问题。
医疗美容医院的毛利较高，从某上市公司披露的2021年度营业收入、营业成本数据来看，该上市公司旗下有三大医美品牌，28家医疗机构，近三年销售收入实现大幅增长。以2021年为例，三大品牌实现销售收入万元，同比增长。该集团2021年度医疗美容行业的毛利率为。其中，手术类医疗美容毛利率；非手术类医疗美容毛利率。
医疗美容行业的高毛利背景下，可能会存在成本费用不实的问题。如将向银行借款转借给其他企业，但担保费、利息支出在本公司扣除；取得与生产经营无关的发票入账在企业所得税前扣除的情况。
例如在无实际业务的情况下取得大额咨询业发票税前扣除。甚至取得虚开平台开具的虚开发票税前扣除的问题。
医疗美容机构签订购销合同、借款合同、租赁合同，产权转移数据等可能存在未及时足额申报缴纳印花税的问题。
医疗美容行业因其高成长性和高收益性，日渐成为资本市场的宠儿，股权交易和结构调整较为频繁，其中的股权相关税收问题伴随期间。
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