1、组织性质不同。
注册税务师协会是由民政局批准的社团组织；税务代理机构是经税务局批准以及在工商登记领取营业执照的法人组织；税务机关是由国家设立的行政机关。
2、工作任务不同。
注册税务师协会工作任务是对税务师事务所、会员实施行业指导、监督和管理，配合税务行政部门工作事宜。税务代理机构的工作任务是受纳税人、扣缴义务人的委托，代为办理税务事宜的各项行为的总称。税务机关的工作任务是税法法规拟定、税务征收以及税务管理等。
3、权利来源不同。
注册税务师协会的权利来源于协会章程；税务代理机构的权利来源于委托人的委托；税务机关的权益来源于税收法律法规。
扩展资料：
税务代理机构设立条件：
1、有两名以上符合合伙人条件，并依法承担无限责任的合伙人；
2、有一定数量的专职从业人员，其中至少有3名以上取得《中华人民共和国注册税务师执业注册证书》者)；
3、有固定的办公场所和必要的设施；
4、经营资金为10万元以上；
5、审批机关规定的其他条件。
申请设立事务所的合伙人具备的条件：
1、具有完全民事行为能力；
2、取得《中华人民共和国注册税务师执业注册证书》；
3、具有3年以上在事务所从事税务代理业务的经验和良好的职业道德记录；
4、不在其他单位从事获取工资等劳动报酬的工作；
5、年龄在65周岁以下；
6、审批机关规定的其他条件。
参考资料来源：百度百科-中国注册税务师协会
参考资料来源：百度百科-税务代理机构
参考资料来源：百度百科-税务机关
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