1998年6月28日玉溪撤地设市,“玉溪地区国家税务局”更名为“玉溪市国家税务局”,原“玉溪市国家税务局”更名为“红塔区国家税务局”,其他八个县国家税务局的名称及隶属关系等均不变。玉溪市国家税务局现辖九个县(区)局,即:红塔区国家税务局、通海县国家税务局、江川县国家税务局、澄江县国家税务局、华宁县国家税务局、易门县国家税务局、峨山县国家税务局、新平县国家税务局、元江县国家税务局。市局有内设机构9个,即办公室、政策法规处、流转税管理处、所得税管理处、进出口税收管理处(含国际税务管理职责)、征收管理处、计划统计处(含财务管理职责)、人事教育处、监察室;直属机构:2个,即稽查局、玉溪经济技术开发区国家税务局(非全职能局);事业单位:3个,即信息中心、机关服务中心、培训中心。同时,设离退休干部办公室、机关党委办公室。