区别：
1、组织性质不同
注册税务师协会是由民政局批准的社团组织；税务代理机构是经税务局批准以及在工商登记领取营业执照的法人组织；税务机关是由国家设立的行政机关。
注册税务师行业的主管机关是税务机关，其具体承担的主管机构是注册税务师管理中心。目前，只在国家税务总局和省级税务机关设立注册税务师管理中心。
中国注册税务师协会是属于全国性一级社团组织，它对行业实行的是自律性管理，而不具有行政管理权。目前，只在国家和省设立注册税务师协会。
2、工作任务不同
注册税务师协会工作任务是对税务师事务所、会员实施行业指导、监督和管理，配合税务行政部门工作事宜。税务代理机构的工作任务是受纳税人、扣缴义务人的委托，代为办理税务事宜的各项行为的总称。税务机关的工作任务是税法法规拟定、税务征收以及税务管理等。
中国注册税务师协会的主要职能是：对注册税务师行业实行自律性管理。保证税收法律及规章制度的正确实施；监督执业和从业人员遵守职业道德，帮助委托人认真履行纳税义务；维护会员和被代理人的合法权益；加强会员的联系与合作等作用。
3、权利来源不同
注册税务师协会的权利来源于协会章程；税务代理机构的权利来源于委托人的委托；税务机关的权益来源于税收法律法规。
4.作用不同
注册税务师管理中心从自己的职能出发，对注册税务师行业进行管理和监督，负责审核、报批及审批税务师事务所；对税务师事务所及注册事务师的执业行为进行监督检查；按规定的职权处理违章行为等。
注册事务师协会对注册事务师行业通过《注册税务师章程》进行自律性管理。承办会员入会登记、实施行业指导；开展对执业税务师的教育和培训；维护会员的合法权益等项事项。
扩展资料：
中国注册税务师协会
简称中税协，前身为中国税务咨询协会，成立于1995年2月28日，是经中华人民共和国民政部批准的全国一级社团组织，是由中国注册税务师和税务师事务所组成的行业民间自律管理组织，受民政部和国家税务总局的业务指导和监督管理。
协会与多个国际同行业组织建立了友好合作关系，并于2004年11月加入亚洲一大洋洲税务师协会（AOTCA），成为其正式会员。
税务代理机构
是指从事税务代理业务的中介组织，即经过国家税务总局确认批准的税务师事务所（中心），且在工商机关领取了营业执照的法人组织。
税务机关
是指国家税务总局及其所属征收机关，包括各级税务机关（狭义）、海关（关税）、财政机关（契税等）。
狭义税务机关指各级税务机关，不包括海关、财政机关。
参考资料来源：百度百科-中国注册税务师协会
参考资料来源：百度百科-税务代理机构
参考资料来源：百度百科-税务机关
参考资料来源：百度百科
潇湘涵雪
