职级不同。审计局总审计师是副总工程师、副总经济师，副局长是总工程师、总经济师。地方各级审计局均为行政单位，国家公务员编制。审计局是主要负责地方政府各部门和所有企事业单位的审计监督工作的组织机构。
总审计师是一个行政职务，应由政府发文到审计局，如果总审计师是党组成员则由党委发到审计局。
这个问题本身提得有点问题。按干部人事任免规定，审计局的总审计师是审计局的领导，一般由政府行文，发到审计局。但是同时是审计局党组成员的时候，由政府党组行文，发到审计局党组，任命为审计局党组成员和总审计师。也有的地方党政不分，由党委组织部行文，发到审计局党组。
区别是总审计师协助本单位主要负责人管理内审工作，切实保障内审机构高效运行，党组是党在中央和地方国家机关、人民团体、经济组织、文化组织和其他非党组织的领导机关中设立的领导机构，在本单位发挥领导作用，是党对非党组织实施领导的重要组织形式。
副部级，比如审计署的总审计师，明确了副部级，作为审计署党组成员纳入班子管理，享受单位副职待遇，由中央任免。类似的总工在中央部委是极少数。2. 正厅级，在中央部委比较常见，像工信部的总工程师
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