消化道的组织学很相似，每个器官有少许不同食管表面覆盖的是鳞状上皮，这是其与胃和肠最大的不同，并且，食管没有浆膜层。胃的组织学是消化道最典型的，分为粘膜层，粘膜下层，肌层，浆膜层。在不同的层次，有消化腺体，消化细胞，分泌不同的激素。小肠的粘膜层相对较厚，有很多长的微绒毛。盲肠很短，同样分成粘膜层，粘膜下层，肌层，浆膜层。但内分泌腺少。
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