1．财务报表自身存在的局限性
根据会计准则要求，财务报表格式相对固定。财务报表对企业复杂的经济业务均以货币加以计量并表现出来，但不反映会对企业产生重大影响的其他信息;其次，从信息的发生时间上看，财务报表只能对已经发生了的历史财务信息加以列报，无法反映使用者决策时可能需要的各项预测信息。即使是采用了一些技术手段对未来趋势进行预测，也是将建立在财务报表提供的历史资料的基础上，只是一个历史的假设;再次，根据目前的会计准则要求，就同一性质的经济业务企业可以根据实际自身需要选择不同的会计处理方式，还可以采用一定的会计估计方法。这样就为企业操纵会计报表数据留下一定空间，减少财务信息的公信力。
2．财务分析方法的局限性
目前，财务报表分析方法主要包括比较分析法、比率分析法和因素分析法。这些分析方法存在一定的局限性。
比较分析法对应用范围有较大限制。例如，在进行行业内数据比较时，需要选取同行业相同且尽可能类似性质的业务，同时还需要满足企业的规模和运作模式类似或相同的条件。比率分析方法的局限性则主要表现在：如果单纯使用比率分析方法，那么所得出的结论仅仅是通过堆砌数据指标而形成的分析结果；由于这些是数据是历史形成，所以常常无法判断是否足以为企业未来财务和经营状况形成一个可靠的基础。因素分析法在实践中应用比较广泛。但是这个方法在使用时，要谨慎确定因素分解的相关性，注意各个因素的顺序性，而且分析过程存在某些假设前提。
3．财务报表分析人员专业素质的局限性
企业财务报表的分析和评估是一项专业性很强的工作，通常是由企业财务部门的分析人员来完成。每个财务人员限于专业知识的掌握程度，在对财务报表的理解和判断能力、财务分析方法理论和实践的深度和广度有着较大的差异。这些自身专业素质的差异往往导致每个分析人员所得出的财务分析和指标计算的结果略有不同。再者，如果分析人员不完全了解的分析过程和指标之间的关系，单凭计算结果进行判断，也很难对企业的财务和经营状况有一个全面的描述与把握。
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