如果是管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失，需要把该盘亏存货的进项税额转出，除这三项外其他的情况不做进项税转出处理。
如果是由于管理不善造成的存货毁损，应该做进项税额转出，即：
1、管理不善造成的原材料毁损：
借：待处理财产损溢
贷：原材料
借：管理费用
贷：待处理财产损溢
应交税费——应交增值税（进项税额转出）
2、由于自然灾害造成的原材料毁损，不需要进项税额转出，即
借：待处理财产损溢
贷：原材料
借：营业外支出
贷：待处理财产损溢
"待处理财产损溢"是会计里边的科目，属于资产类帐户，核算企业在清查财产过程中已经查明的各种财产物资的盘盈、盘亏和毁损。它是资产一类，属于过渡性资产类科目，它不具有资产负债权益实质性意义，在期末会全部或部分结转。
“待处理财产损溢”帐户经常设置两个明细科目，即“待处理固定资产损溢”、“待处理流动资产损溢”。待处理财产损溢在未报经批准前与资产直接相关，在报经批准后与当期损溢直接相关。
企业进行存货清查盘点，应当编制“存货盘存报告单”，并将其作为存货清查的原始凭证。经过存货盘存记录的实存数与存货的账面记录核对，若账面存货小于实际存货，为存货的盘盈；反之，为存货的盘亏。对于盘盈、盘亏的存货要记入“待处理财产损溢”科目，查明原因进行处理。
（一）存货的盘盈
1、企业在财产清查中盘盈的存货，根据“存货盘存报告单”所列金额，编制会计分录如下：
借：原材料
包装物
低值易耗品
库存商品等
贷：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
2、盘盈的存货，通常是由企业日常收发计量或计算上的差错所造成的，其盘盈的存货，可冲减管理费用，按规定手续报经批准后，会计分录如下：
借：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
贷：管理费用
（二）存货的盘亏
1、企业对于盘亏的存货，根据“存货盘存报告单”编制如下会计分录：
借：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
贷：原材料
包装物
低值易耗品
库存商品等
2、对于购进的货物、在产品、产成品发生非正常损失引起盘亏存货应负担的增值税，应一并转入“待处理财产损溢”科目。
借：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
贷：应交税金──应交增值税（进项税额转出）
3、对于盘亏的存货应根据造成盘亏的原因，分别情况进行转账，属于定额内损耗以及存货日常收发计量上的差错，经批准后转作管理费用。
借：管理费用
贷：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
4、对于应由过失人赔偿的损失，应作如下分录：
借：其他应收款
贷：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
5、对于自然灾害等不可抗拒的原因而发生的存货损失，应作如下分录：
借：营业外支出──非常损失
贷：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
6、对于无法收回的其他损失，经批准后记入“管理费用科目”
借：管理费用
贷：待处理财产损溢──待处理流动资产损溢
参考资料：百度百科-存货盘亏
杂草公主/yl
