可以的。农业企业可以选择小企业会计准则的科目，也可以选择企业会计准则的科目，农业合作社一般选择农民专业合作社财务会计制度（试行）里的会计科目。农民专业合作社是以农村家庭承包经营为基础，通过提供农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务来实现成员互助目的的组织，从成立开始就具有经济互助性，拥有一定组织架构，成员享有一定权利，同时负有一定责任。农民专业合作社以其成员为主要服务对象，提供农业生产资料的购买，农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息直至网上交易等服务。
农业专业合作社是农村农民间自发的组织，其性质和企业有些类似，会计科目可以参照企业级农业会计的核算方法设定，引起享受农业减免税等及财政补贴政策，是不涉及税收的，只有专门从事农产品买卖加工等增值服务或提供应税劳务的合作社，其销售收购的农产品和应税劳务的才需要缴纳相关营业税或增值税的。
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