一、单位性质不同；
1、一般来说，财政全额拨款指的是公务员，他们是国家或者省在编人员，人员开支由国家或者省级财政核算资金据实拨付到本级财政发放工资；
2、全额财政补助人员指的是事业人员，他们的工资国家或者省级财政部分或者不承担，全部或者部分工资由本级财政负担，在编制上也属于地方编制（国家、省级招考事业人员除外）。
3、差额补助，也是指的事业编制人员，即对某些事业单位如公立医院等按照单位收支实际情况，每年对其不足部分给予相应补助，每年补助金额不同。与之相近的是定额补助，即根据单位收支实际情况，核定一个财政补助定额，每年按照核定的定额数一次性或者按照进度分次予以拨付。
二、资金性质不同；
1、全额补助和差额补助是一种政府财政分配形式，
2、财政补助是国家预算资金的一部分。
财政补助的核算
一、设置“财政补助收入”科目。实际收到财政补助收入时，贷记本科目；缴回时作相反会计分录。年终结账时，将本科目贷方余额全数转入“事业结余”科目，借记本科目。年终结账后，本科目无余额。本科目应按“国家预算收入科目”的“款”级科目设置明细账。
具体核算过程：
1、实行国库统一收付制度，财政直接支付的核算
在财政直接支付方式下，事业单位对于财政直接支付的资金，应于收到财政国库支付执行机构委托代理银行转来的“财政直接支付入账通知书”时，按入账通知书中标明的金额确认收入。账务处理如下：
(1)、对于由财政直接支付的工资：
借：事业支出
贷：应付工资
借：应付工资
贷：财政补助收入
(2)、对于由财政直接支付的购买材料、服务的款项：
借：材料
事业支出
贷：财政补助收入
(3)、对于由财政直接支付的购置固定资产的款项
借：事业支出
贷：财政补助收入
借：固定资产
贷：固定基金
2、实行国库统一收付制度，财政授权支付的核算
在财政授权支付方式下，行政事业单位应于收到代理银行盖章的“授权支付到账通知书”时，按到账通知书标明的额度确认收入。账务处理如下： 事业单位应设置“零余额账户用款额度”科目。
(1)、收到“授权支付到账通知书”后，根据通知书所列数额
借：零余额账户用款额度
贷：财政补助收入
(2)、事业单位购买物品、服务等支用额度时
借：事业支出、材料
贷：零余额账户用款额度
属于购入固定资产的
借：固定资产
贷：非流动资产基金——固定资产
参考资料来源：百度百科-财政补助收入
参考资料来源：百度百科-财政全额拨款
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