主要区别有：
1．两者的审计目标不同。
政府审计是对被审计单位的财政收支或者财务收支的真实、合法和效益依法进行的审计；注册会计师审计是注册会计师对财务报表是否按照适用的会计准则和相关会计制度的规定编制进行的审计。
2．两者的审计标准不同。
政府审计是审计机关依据《中华人民共和国审计法》和国家审计准则等进行的审计；注册会计师审计是注册会计师依据《中华人民共和国注册会计师法》和中国注册会计师审计准则进行的审计。
3．两者的经费或收入来源不同。
政府审计履行职责所必需的经费，应当列入财政预算，由本级人民政府予以保证。注册会计师的审计收入来源于审计客户，由注册会计师和审计客户协商确定。
4．两者的取证权限不同。
审计机关有权就审计事项的有关问题向有关单位和个人进行调查，并取得有关证明材料，有关单位和个人应当支持、协助审计机关工作，如实向审计机关反映情况，提供相关证明材料；注册会计师在获取证据时很大程度上有赖于被审计单位及相关单位的配合和协助，对被审计单位及相关单位没有行政强制力。
5．两者对发现问题的处理方式不同。
审计机关审定审计报告，对审计事项做出评价，出具审计意见书；对违规国家的财政收支、财务收支行为，需要依法给予处理、处罚的，在法定职权范围内做出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚意见。注册会计师对审计过程中发现需要调整和披露的事项与管理层沟通。
扩展资料：
1、政府审计的主要作用
政府审计，指政府审计机关对会计账目进行独立检查，监督财政、财务收支真实、合法和效益的行为，其实质是对受托经济责任履行结果进行独立的监督。西方审计内容除一般真实性和合法性审计外，正向着重于经济和效率审计、项目效果审计发展，也称为绩效审计(又称“三E”审计)。“三E”是指经济性、效率性和效果性。
（1）政府审计对财务行政起监督作用，并促进财政监督的实施
（2）政府审计对财务行政活动符合有关政策、制度规定起保证作用
（3）政府审计对财务行政活动的合理性与合法性起保证作用
（4）政府审计有助于提高财务行政的效益
2、社会审计也称注册会计师审计或独立审计，是指注册会计师依法接受委托、独立执业、有偿为社会提供专业服务的活动。社会审计的产生源于财产所有权和管理权的分离。社会审计制度的确立是中国实行改革开放政策，建立社会主义市场经济体制的必然要求，对促进改革开放和经济发展发挥了重要作用。
民间审计组织主要有会计师事务所、审计师事务所等。社会审计只有在接受委托时，才能对被审计单位进行审计，审计的内容和目的决定于委托人的要求，此时享有国家审计机关同样的审计监督权，否则无权独立行使审计的监督权，但它同样具有独立性和权威性。
社会审计的主要任务还有:审查中外合资企业的经济活动和外资独营企业的经济活动，为社会提供咨询服务,审查和验证上市股份公司的财务报告等
参考资料：
百度百科-社会审计
百度百科-政府审计
可爱的giraffe
