1、会计记账基础不同
企业会计准则在总则中明确规定企业单位的核算采用权责发生制原则。而按照事业单位会计准的规定，事业单位的会计核算主要采用收付实现制，经营性的收支业务也可以采用权责发生制，但其核算的范围有限，而且一般不预提费用和待摊。
2、净资产规定的内容不同
企业的净资产又称为所有者权益，是指企业资产在扣除负债之后所有者所享有的剩余收益。其主要来源包括所有者投资的资产、直接计入所有者权益的利得与损失、留存收益等方面。而事业单位净资产是指资产与负责的差额，主要包括事业基金、专用基金、固定基金、经营结余和事业结余等方面。事业单位的资产主要来源于国家拨款，是其按照国家规定占有、运用国有资产从而形成的资产，因此事业单位资产又称为事业单位国有(公共) 资产。与企业不同，一般事业单位的资产不计算盈亏，因此其净资产不能体现所有者或投资者的权益。
3、财务会计报表的内容不同
企业会计准则明确规定：企业财务报告是指企业对外提供的反映企业某一特定日期的财务状况和某一会计期间的经营成果、现金流量等会计信息的文件。企业会计准则要求会计报表应该包括资产负债表、所有者权益变动表、利润表、现金流量表等内容，附注和其他应当提供详细、充分的补充信息。按照事业单位会计准则的规定，其会计报表是反映事业单位的财务状况、收支情况的书面文件，主要包括资产负债表、收入支出表、附表及会计报表附注和收支情况说明书等内容，其中，事业单位占有以及使用国有资产的情况信息是财务会计报表的组成部分。与企业的财务会计报表相比，事业单位财务会计报表不需要编制现金流量表和利润表。
4、预算管理方式不同
事业单位预算是指国家事业单位根据其职能、工作任务以及发展计划编制年度财务收支计划，主要反映的是事业单位的资金收入、业务活动和国家事业发展的规模、方向，其不仅是部门编制预算的基础，同时也是事业单位财务工作的基本依据。事业单位的各项收入和支出全部都纳入单位的预算进行统一管理，由单位统筹安排使用。对于事业单位而言，其预算一但经过审查批准便立即成为具有法律效力的文件，事业单位有责任严格执行和监督单位预算，定期分析预算的执行情况。若预算与实际情况存在较大的差异时，事业单位要及时分析差异原因，并且提出解决措施或者建议，从而确保单位各项收支标准得以实现。
拓展资料：
1、事业单位的非流动资产包括长期投资、在建工程、固定资产、无形资产等。
长期投资是指事业单位依法取得的，持有时间超过1年(不含1年)的各种股权和债权性质的投资。
在建工程是指事业单位已经发生必要支出，但尚未完工交付使用的各种建筑(包括新建、改建、扩建、修缮等)和设备安装工程。
固定资产是指事业单位持有的使用期限超过1年(不含1年)，单位价值在规定标准以上，并在使用过程中基本保持原有物质形态的资产，包括房屋及构筑物、专用设备、通用设备等。单位价值虽未达到规定标准，但是耐用时间超过1年(不含1年)的大批同类物资，应当作为固定资产核算。
无形资产是指事业单位持有的没有实物形态的可辨认非货币性资产，包括专利权、商标权、著作权、土地使用权、非专利技术等。
2、 事业单位的资产应当按照取得时的实际成本进行计量。除国家另有规定外，事业单位不得自行调整其账面价值。
应收及预付款项应当按照实际发生额计量。
以支付对价方式取得的资产，应当按照取得资产时支付的现金或者现金等价物的金额，或者按照取得资产时所付出的非货币性资产的评估价值等金额计量。
取得资产时没有支付对价的，其计量金额应当按照有关凭据注明的金额加上相关税费、运输费等确定;没有相关凭据的，其计量金额比照同类或类似资产的市场价格加上相关税费、运输费等确定;没有相关凭据、同类或类似资产的市场价格也无法可靠取得的，所取得的资产应当按照名义金额入账。
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