这个要具体分析对待,一般来说有专票,按专票,没有的话,计算抵扣一、从一般纳税人处取得专用发票。购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书,直接按票上的进项税额抵扣,不需要计算应抵扣的进项税。例如:某公司从某一般纳税人企业购进小麦一批,对方开了增值税专用发票,金额10万元,税额0.9万元,此时,该公司直接按正常取得专票认证抵扣,可抵扣进项税为0.9万元。当然,如果用于生产或委托加工13%税率货物的农产品,还能加计抵扣1%。二、从小规模纳税人处取得专用发票。根据规定,购进农产品,从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的,以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。用于生产13%税率的,按照10%扣除率计算进项税额。现政策规定,疫情期间小规模纳税人按照1%征收率计算缴纳增值税,并可以开具增值税专用发票。开具1%专票是否可以9%或10%计算抵扣?各地的答疑口径是不同的,纳税人执行的很混乱。国家税务总局答疑的口径:从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣,只有取得3%的专票才可以。例如:某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批,取得代开的增值税专用发票,金额10万元,税额0.3万元,此时,该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元,计入原材料金额=10+0.3-0.9=9.4万元。三、向农业生产者个人购进的自产农产品,可以凭自行开据的农副产品收购发票计算抵扣进项税。农产品收购发票是指收购单位向农业生产者个人(不包括从事农产品收购的个体经营者)收购自产农业免税产品时,由付款方向收款方开具的发票。农户销售自产农产品免征增值税,企业在开具收购发票的时候也是免税开具。开具收购发票在“发票管理-发票填开”处选择“收购发票填开”。如果此处没有“收购发票填开”项目,则需要到主管税务机关进行申请。开具收购发票应当注意:收购发票上的销售方(农户),要与购销合同上的销售方一致,销售方确实是给企业提供货物的人。企业给销售方支付货款时,收款人姓名应该与销售方名称一致。即保证业务真实性。四、农产品生产单位销售自产农产品或向农民专业合作社销售的农产品以及采取“公司+农户”经营模式销售的农产品,都是免征增值税,可以开具免税的农副产品销售发票。作为购买方虽然索取的是免税的增值税普通发票,但仍然可以根据发票金额计算抵扣增值税。可以抵扣的进项税额=票面金额×9%,用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。