1、第一部主要讲一个隐藏了身份的刺客Desmond一觉醒来发现被人绑架到了一个秘密基地做实验,这伙人是一个叫Abstergo Industry的公司的人,而这个公司就是一直与刺客组织Assassin对立了几千年的圣殿骑士团的现代版本,他们为了通过提取Desmond的关于祖先Altair的记忆来找到先行者Those who came before,也就是所谓的造物主(嗯,西方宗教的观念嘛)的神器来统治人类的精神(在2中会有对这些神器的进一步解释)。在十字军东征时期的Altair是一个刺客大师,一开始桀骜不驯,冷漠自大,让组织陷入险境,受到师父惩罚从学徒做起去杀九个圣殿骑士,后来在任务中逐渐改变自己的态度,并发现了邪恶的师傅的阴谋(他们十个圣殿骑士共同发现了一个神器“禁果”,师父想独吞),最终杀死了师父。同时被绑架的Desmond也在现代通过提取记忆用的机器Animus的流血效应Bleeding effect获得了祖先的特技“鹰眼视觉”,发现了在他之前原来还有16个一样的受害者惨遭公司毒手,并且看到了给他做实验的博士和博士的女助手Lucy之间不同的立场(Lucy是同伴派的的卧底,博士是大反派),并决定逃出生天。2、第二部开场就是Lucy帮助Desmond逃脱公司,并在同时破解了与他有着极大渊源的16号实验对象的记忆,于是将Desmond带回藏身处,开始继续让Desmond从16号指出的有关一个1479年文艺复兴时期的银行家子弟Ezio Auditore Da Firenze的身上提取记忆,于是有了2的剧情。Ezio的一开始只是个打群架,各种泡妞的纨绔子弟,但是不久后家人就被人陷害遭到灭门,只带着母亲妹妹逃到了叔叔所拥有的蒙泰利奇欧尼(英文忘了。。。)庄园里藏身,后来在叔叔的指导下发现自己的父亲是刺客组织大师Altair的后代,自己也是个天生注定的刺客,于是便以复仇为目的进行训练,一个一个手刃仇人,但是在斗争的过程中,Ezio复仇的欲望越发消逝,更多的是一种为人民服务的伟大精神(。。。)。在末段,Ezio了解并找到了“禁果”,而且被一直暗中帮助自己的刺客组织接纳为一员,更是发现自己的最大仇人竟然最后成为了教皇亚历山大六世。最后Ezio的禁果被夺走,他解开了刺客密函的谜题(密函由Altair撰写,在PSP刺客信条血缘里有叙述),找到了位于梵蒂冈的远古密室,在那里打败了教皇,并且发现了密室里的秘密,竟然是先行者留给500多年后的Desmond的信息(穿越了。。。)。与此同时,Desmond的藏身所被发现,通过流血效应获得了Ezio的身手的他击败警卫,再次与同伴开始逃亡。