会计师事务所的上级主管部门是各级的财政部门。
根据《会计师事务所执业许可和监督管理办法》第二条 财政部和省、自治区、直辖市人民政府财政部门（以下简称省级财政部门）对会计师事务所和注册会计师进行管理、监督和指导，适用本办法。
第七条 会计师事务所应当自领取营业执照之日起60日内，向所在地的省级财政部门申请执业许可。未取得会计师事务所执业许可的，不得以会计师事务所的名义开展业务活动，不得从事《注册会计师法》第十四条规定的业务（以下简称注册会计师法定业务）。
扩展资料：
《会计师事务所执业许可和监督管理办法》第四十六条 省级以上财政部门依法对会计师事务所实施全面或者专项监督检查。省级以上财政部门对会计师事务所进行监督检查时，可以依法对被审计单位进行延伸检查或者调查。
财政部门开展其他检查工作时，发现被检查单位存在违规行为而会计师事务所涉嫌出具不实审计报告及其他鉴证报告的，可以由省级以上财政部门延伸检查相关会计师事务所。省级以上财政部门在开展检查过程中，可以根据工作需要，聘用一定数量的专业人员协助检查。
参考资料来源：百度百科——会计师事务所执业许可和监督管理办法
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