应付职工薪酬审计是对涉及应付职工薪酬项目进行审计，如应付职工薪酬与其他业务发生错误或舞弊行为，如虚报冒领、重复支付和贪污等。同时，职工薪酬有时是构成企业成本费用的重要项目，所以在审计中便显得十分重要。应付职工薪酬的实质性程序通常包括：（一）获取或编制应付职工薪酬明细表,复核加计是否正确,并与报表数、总账数和明细账合计数核对是否相符。（二）实施实质性分析程序：1．针对已识别需要运用分析程序的有关项目，并基于对被审计单位及其环境的了解，通过进行以下比较，同时考虑有关数据间关系的影响，以建立有关数据的期望值：(1)比较被审计单位员工人数的变动情况，检查被审计单位各部门各月工资费用的发生额是否有异常波动，若有，则查明波动原因是否合理；(2)比较本期与上期工资费用总额，要求被审计单位解释其增减变动原因，或取得公司管理当局关于员工工资标准的决议；(3)结合员工社保缴纳情况，明确被审计单位员工范围，检查是否与关联公司员工工资混淆列支；(4)核对下列相互独立部门的相关数据：①工资部门记录的工资支出与出纳记录的工资支付数；②工资部门记录的工时与生产部门记录的工时。(5)比较本期应付职工薪酬余额与上期应付职工薪酬余额，是否有异常变动。2．确定可接受的差异额；3．将实际的情况与期望值相比较，识别需要进一步调查的差异；4．如果其差额超过可接受的差异额，调查并获取充分的解释和恰当的佐证审计证据（如通过检查相关的凭证）；5．评估分析程序的测试结果。（三）检查工资、奖金、津贴和补贴：1．计提是否正确，依据是否充分，将执行的工资标准与有关规定核对，并对工资总额进行测试；被审计单位如果实行工效挂钩的，应取得有关主管部门确认的效益工资发放额认定证明，结合有关合同文件和实际完成的指标，检查其计提额是否正确，是否应作纳税调整；2．检查分配方法与上年是否一致，除因解除与职工的劳动关系给予的补偿直接计入管理费用外，被审计单位是否根据职工提供服务的受益对象，分别下列情况进行处理：(1)应由生产产品、提供劳务负担的职工薪酬，计入产品成本或劳务成本；(2)应由在建工程、无形资产负担的职工薪酬，计入建造固定资产或无形资产；(3)作为外商投资企业，按规定从净利润中提取的职工奖励及福利基金，是否相应计入“利润分配——提取的职工奖励及福利基金”科目；(4)其他职工薪酬，计入当期损益；3．检查发放金额是否正确，代扣的款项及其金额是否正确；4．检查是否存在属于拖欠性质的职工薪酬，并了解拖欠的原因。（四）检查社会保险费（包括医疗、养老、失业、工伤、生育保险费）、住房公积金、工会经费和职工教育经费等计提(分配)和支付(或使用)的会计处理是否正确，依据是否充分。（五）检查辞退福利下列项目:（六）检查非货币性福利：（七）检查以现金与职工结算的股份支付：（八）检查应付职工薪酬的期后付款情况，并关注在资产负债表日至财务报表批准报出日之间，是否有确凿证据表明需要调整资产负债表日原确认的应付职工薪酬事项。（九）检查应付职工薪酬是否已按照企业会计准则的规定在财务报表中作出恰当的列报。
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