职责分工首先是会计电算化使用部门与业务部门的职责相分离（业务部门指产生原始数据的部门或人员），尽可能保持不相容职能（如业务授权、执行、保管和记录)的分离，其次是财务部门电算化岗位内部的职责分离。通过进行内部职责分工，以补救不相容职能集中化的不足。例如在手工会计信息系统中其岗位设置一般为会计主管、出纳、稽核、会计核算各岗等基本会计工作岗位。会计信息管理人员负责日常成本核算工作，资产管理人员负责工程及固定资产管理，资金管理人员负责资金的筹集，预算管理人员负责各项资金预算、成本预算以及工程预决算等，会计主管人员负责各项经济业务的合规、合法性审核，出纳人员负责资金的结算，以上各岗位按照会计制度规定实行不相容岗位分离。在实行电算化后，各项职能分工均按照会计制度相关规定进行，有电算主管或系统管理员按照不相容岗位分离的原则对上述电算岗位设置相应的功能权限、账套权限、操作时间权限等。在功能权限设置上负责审核人员，不赋予制证权限，不兼任出纳工作，对业务的真实性、合法性以及完整性负责。制证人员赋予审核权限，出纳人员不赋予除固定资产管理之外的其他工作，电算主管和系统管理员负责日常监督、系统安全运行、数据安全以及协调各工作人员关系等。会计档案人员负责数据光盘、系统光盘及各类纸制资料的保管工作，但系统光盘和数据光盘应分开保管。
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