闽南师范大学更好，理由如下。
一、看历史：
闽南师范大学1960年开始招收首届本科生，2003年开始收硕士研究生，2013年开始收博士生，2013年4月改名成“大学”，同时所有专业升为一本招生。
福建工程学院2002年由福建建筑高等专科学校与福建职业技术学院合并，升格为福建工程学院，2003年开始招收本科生，2013年获得硕士授予权，目前福建工程学院还是“学院”，只有部分专业在一本招生。
换言之，闽南师范大学在招收硕士生时，福建工程学院刚刚从大专收本科，闽南师范大学在招收博士生时，福建工程学院刚刚开始收硕士。
二、看政策
闽南师范大学2007年入选福建省重点建设高校。
福建工程学院2013年入选福建省重点建设高校（2012年底，福建省政府提出了被增列为福建省重点建设高校要满足工学硕士点的条件，而2013年福建工程学院获得了工学硕士授予权，所以2013年成功获批省重点高校）。
在福建省政府的政策定位里，闽南师范大学被定位为一类校，福建工程学院被定位为二类校（详见附图）。福建省选调生政策中，福建工程学院的毕业生推荐名额是闽南师范大学的三分之一，并且只能被选调到山区，而闽南师范大学学生可以被选调到厦门福州这类沿海城市。
三、看学科实力
闽南师范大学有博士培养方向4个，硕士学术学位授权一级学科4个、硕士学术学位授权二级学科30个、硕士专业学位授权类别6个。
福建工程学院目前还没有招收博士的资格，有硕士学术学位授权一级学科4个、硕士专业学位授权类别2个、硕士专业学位授权领域2个。
从学科实力来看：闽南师范大学优于福建工程学院。
综上所述，闽南师范大学优于福建工程学院。
Antares米罗
