函证由注册会计师直接发出

法律分析：询证作为审计中一种常用的程序和方法，它包括查询和函证。查询是审计人员对有关人员进行书面或口头询问以获取审计证据的方法。函证是指审计人员为印证被审计单位会计记录所载事项而向第三者发函询证的一种方法。

法律依据：根据《财政部、银监会关于进一步规范银行函证及回函工作的通知》之二规定：注册会计师应当根据具体业务的需要，从本通知所附银行询证函格式中选择适当的银行询证函，并确保函证的完整规范有效。注册会计师应当对银行询证函及回函中所列信息严格保密，仅用于审计（验资）目的，并按照执业准则的要求形成业务工作底稿。

函证获取的审计证据是针对认定层次的。

注册会计师应该确定是否有必要实施函证以获取认定层次的充份、适当的审计证据。在作出决策时，应当考虑以下三个因素：

1、评估的认定层次重大错报风险，评估的认定层次重大错报风险水平越高，对于审计的相关性和可靠性的要求越高。

2、函证程序针对的认定，不同的认定，函证的证明能力不同。函证应收账款时，可能为存在、权利和义务认定提供相关可靠的审计证据，但是不能为计价和分摊认定（应收账款涉及的坏账准备计提）提供证据。

3、实施函证以外的其他审计程序，针对同一项认定，可以从不同来源获取审计证据，或获取不同性质的审计证据。

注册会计师应当采取下列措施对函证实施过程进行控制：

（一）将被询证者的名称、地址与被审计单位有关记录核对。

（二）将询证函中列示的账户余额或其他信息与被审计单位有关资料核对。

（三）在询证函中指明直接向接受审计业务委托的会计师事务所回函。

（四）询证函经被审计单位盖章后，由注册会计师直接发出。

（五）将发出询证函的情况形成审计工作记录。

（六）将收到的回函形成审计工作记录，并汇总统计函证结果。