电算化会计信息系统的内部控制有如下功能：着重于组织、批准、权限及保护措施等方面的责任控制功能；着重于财产安全、防止错误及舞弊、查找和校正非法行为等方面的差错和舞弊控制功能；着重于如何充分协调和组织，发挥系统效能，使系统高效地运行的效率控制功能。 要建立适应电算化会计信息系统的内部控制应考虑到它对内部控制的特殊要求，主要体现在以下几方面：首先，计算机的使用改变了企业会计核算的环境；其次，电算化会计系统改变了会计凭证的形式；最后，计算机的使用提高了控制舞弊、犯罪的难度。随着计算机使用范围的扩大，储存在计算机磁性媒介上的数据容易被篡改，有时甚至能不留痕迹地篡改，因此计算机舞弊和犯罪的情况就会比较多，计算机犯罪又具有很大的隐蔽性和危害性，发现计算机舞弊和犯罪的难度更大，造成的危害和损失也更大，因此，电算化会计信息系统的内部控制不仅难度大、复杂，而且还要有各种控制的计算机技术手段。
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