1、药店会计基本采用商业企业会计制度。药店会计常用的账目：现金日记账、银行存款日记账、总分类账簿、明细分类账、商品进销存帐等。2、一般的药店会计做账工作流程就是：取得原始凭证－制作会计凭证－月底汇总做科目汇总表－登记总账－然后按制作的会计凭证登记明细账以及库存账－总账和明细账核对－制作会计报表－如果单位是一般纳税人做网上国税申报和地税申报（这个地方有不同，有的地方还是手工申报）－报完后把留底报表存档。附注： 1.审核原始凭证：（1）外来原始凭证。由业务经办人员在业务发生或者完成时从外单位取得的凭证，如供应单位发货票、银行收款通知等。（2）自制原始凭证。单位自行制定并由有关部门或人员填制的凭证，如收料单、领料单、工资结算单、收款收据、销货发票、成本计算单等。2.填制记账凭证：可以到月底把同类的原始凭证汇总填制记账凭证，也可随时发生随时填 . 但不要把时间顺序颠倒了。根据有借必有贷，借贷必相等的记账规则，编制会计分录。3.复合：就是看看有没有错误。4.记账：根据记账凭证登记入账，小规模公司必备的账本：现金日记账；银行日记账；总账；三栏明细账。5.编制会计报表：（1）根据总账科目余额填列。可直接根据有关总账科目的期末余额填列，（如应收票据）有些则需根据几个总账科目的期末余额计算填列，如“货币资金”，需根据“库存现金”、“银行存款”、“其他货币资金”三个科目的期末余额的合计数填列。（2）根据明细账科目余额计算填列。如“应付账款”，需根据“应付账款”和“预付账款”相关明细科目的期末贷方余额计算填列。（3）根据总科目和明细科目余额分析计算填列。如“长期借款”，需根据“长期借款”总账科目余额扣除“长期借款”明细科目中将在一年内到期限的长期借款部分分析计算填列。（4）务查登记簿记录。会计报表附注中的某些资料，需要根据备查登记簿中的记录编制。6.纳税申报：1、增值税：销售或购进货物、提供加工或修理修配劳务是要缴纳增值税的。小规模纳税人的增值税率为3%。2.营业税：营业税的纳税义务人，是在中华人民共和国境内提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人。不同行业的营业税率不同。3.地税：还要交地税，就是在营业税的基础上，分别按7%征收的城建税(还有5%、1%，视城市大小而定）和3%的教育费附加和地方教育附加1%（或2%，也是各城市不同）。4.所得税：不论是工商业还是服务业，都要按利润缴纳企业所得税，具体征收办法：按照企业所得税申报表的要求，逐项填写收入、成本、费用、支出，算出利润，按照税法的有关规定进行纳税调整，计算出应纳税所得额。
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