（1）在承包人完成累计金额达到合同总价一定比例（双方合同约定）后，采用等比率或等额扣款的方式分期抵扣。也可针对工程实际情况具体处理，如有些工程工期较短、造价较低，就无需分期扣还；有些工期较长，如跨年度工程，其预付款的占用时间很长，根据需要可以少扣或不扣。（2）从未完施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次中间结算工程价款中，按材料及构件比重抵扣工程预付款，至竣工之前全部扣清。其中，起扣点的计算公式如下：T=P-M/N式中T——起扣点，即工程预付备料款开始扣回时的累计已完成工程价值；M——工程预付款数额；N——主要材料及构件所占比重；P——承包工程合同总额。不含保修金的计算：例如：某项工程合同价100万，预付备料款数额为20万，主要材料、构件所占比重80%，问：起扣点为多少万元？按起扣点计算公式：T=P－M/N=100-20/80%=75万元则 当工程量完成75万元时，本项工程预付款开始起扣。含保修金的计算：如果承包合同中约定，工程质量保修金从承包人每月的工程款中按比例扣留的话，工程预付款起扣点应为T=P(1-K)-M/N，式中，T—起扣点，即预付款开始扣回的累计应付工程款（累计完成工作量金额-相应质量保证金）；K—质量保修金率；M—预付备料款数额；N—主要材料，构件所占比重；P—承包工程价款总额（或建安工作量价值） 。
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