按国家住建部的规定,持证人如有一级和二级建造师二个证书时,不同专业的二个证书可以同时注册,如果二个证书是同一专业,只能注册其中等级最高的一个,即一建。无论一建还是二建,要求必须注册在一家公司内,因为现在注册时需与个人社保挂钩(无形中限制了证书的挂靠),也就是说二个证书无法分别挂靠,只能挂靠在一家企业内。但有一点,一建住建部注册,全国通用;二建地方注册,仅限在本省内使用。就你的情况,先让本公司去注册一建,如果公司能顺利注册上当然最好,如果公司注册受阻,回来提出要求必须撤消二建时,你再做决定也为时不晚。