内设机构有：办公室（党委办公室）、基础教育研究室、职业教育研究室、高等教育研究室、民办教育研究室、教学教材研究室、教育评估室等7个副处级机构。 办公室（党委办公室）。承担文电、机要、人事、党务、档案、财务、资产管理、会务等日常工作；承担信息发布、保密、政务公开、信访、计生、纪检监察等工作。 基础教育研究室。协助省教育厅制订全省基础教育发展规划；承担全省基础教育改革和发展的战略研究、政策研究；承担有关国家级和省部级等重大教育科研项目研究。 职业教育研究室。协助省教育厅制订全省职业教育发展规划；承担全省职业教育改革和发展的战略研究、政策研究；承担职业教育的专业与课程、教学方法的研究与开发；承担有关国家级和省部级等重大教育科研项目研究。 高等教育研究室。协助省教育厅制订全省高等教育发展规划；承担全省高等教育改革和发展的战略研究、政策研究；协助开展高等教育的学科专业与课程、人才培养模式改革研究；承担有关国家级和省部级等重大教育科研项目研究。 民办教育研究室。协助省教育厅制订全省民办教育发展规划；承担全省民办教育改革和发展的战略研究、政策研究；协助指导民办学校进行教学改革和实验；承担有关国家级和省部级等重大教育科研项目研究。 教学教材研究室。承担基础教育教学研究工作；承担基础教育课程的研究、建设和指导工作；指导、组织中小学教材编写工作；开展课程、教材、教法改革实验，研究并组织编写教学改革配套教材和教辅资料；提出中小学教学用书目录。 教育评估室。协助省教育厅组织对各级各类学校的教育教学质量、科研工作、办学水平、办学效益、选优定级等评估（评审）工作，参与制订教育评估政策，参与教育质量监测工作，组织开展教育评估研究和专业培训。 广东高等教育出版社。成立于1983年8月，是广东省教育厅主管、广东省教育研究院主办的教育类出版社。1995年以来先后被教育部评为“全国先进高校出版社”，连续两次被新闻出版总署评为“全国良好出版社”；2008年2月，被广东省委宣传部等评为首批“广东省文化产业示范基地”。 根据新闻出版行政主管部门核定的出版许可范围和主办单位广东省教育研究院的工作职能及其要求，主要出版高等学校、职业技术院校的教材和中小学各学科教材、教辅材料，教师继续教育培训教材，学术专著和译著，社会生活图书和大众读物。 该社设综合部、编辑部、营销部、对外合作部、数字出版中心和广州高教图书公司。其中综合部包括办公室、财务部、出版部；编辑部包括中小学教材教辅编辑室、中职教材编辑室、高职教材编辑室、大学教材编辑室、综合编辑室、审读质检室、校对室和装帧设计室；对外合作部包括中小学教材教辅对外合作室、版权贸易室。 多年来，该社实施“以优质教材为主体，学术精品和教学辅助读物为两翼”的图书出版思路，形成了以优质的本科、职业教育教材和中小学教材为主要品牌，以文史、心理学、教育学等原创性学术图书和大中小学教学辅助读物为知名品牌的出版特色，取得良好的社会效益和经济效益。近年来，一批图书获得国家图书奖（包括“特别奖”）、中国图书奖、鲁迅文学奖、全国教育科学优秀成果以及广东省优秀出版物奖等奖项，多种图书被评为国家重点图书出版规划项目和“三个一百”原创出版工程项目。 广东音像教材出版社。成立于1984年7月，由广东省教育厅主管、广东省电化教育馆主办。2009年按照新闻出版总署的要求，实行转企改制之后，主办单位先后更改为广东省教育厅教育教学教材研究室、广东省教育研究院（主管单位不变）。 该社以“服务教育事业，致力文化发展”为办社宗旨，追求“真诚合作，互利双赢”的经营之道，注重与社外优质资源实体建立合作伙伴关系，共谋发展。该社设综合部、编辑制作部、市场部、拓展部、财务部等五个部门，主营音像教材的出版、复制、发行，兼营与教育信息化密切相关的电子产品与配件以及电教设备安装、维修等业务。 转企改制之后，该社在开发教学资源、提供教学服务、建立合作关系等方面加大力度，与北京、湖北等地的资源实体建立了较紧密的合作关系，实现了跨地域、跨所有制的合作。 广东教育杂志社。是中共广东省委教育工委、广东省教育厅的宣传机构，是宣传国家、省委、省政府有关教育改革发展方针政策的重要阵地，由广东省教育厅主管、广东省教育研究院主办。该社编辑出版的《广东教育综合》、《广东教育高中》、《广东教育职教》、《广东第二课堂小学生版》、《广东第二课堂中学生版》、《师道》、《高教探索》等期刊和南方教育网在全国具有较大影响力，深受读者欢迎。其中，《广东教育》月发行量最高时达20万份以上，被评为全国中文核心期刊、广东省优秀期刊；《广东第二课堂》月发行量最高时达430多万份，被评为广东省优秀期刊、中国期刊方阵双效期刊，荣获全国少儿优秀报刊金奖；《高教探索》长期被评为全国中文核心期刊、CSSCI来源期刊、RCCSE中国核心学术期刊，成为“核心期刊中的核心期刊”，是全国“十佳高等教育学术期刊”。 该社拥有一支思想政治觉悟高、专业基础扎实、整体素质高的编辑队伍，多次被广东省人民政府、广东省教育厅评为精神文明建设先进单位、先进集体、先进党支部，在改革和发展中取得了很好的社会效益和经济效益。 同时，广东省教育研究院还指导广东教育学会、广东职业技术教育学会、广东高等教育学会、广东成人教育协会、广东民办教育协会、广东教育督导学会等省一级学会开展活动。
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