1993年，南京航空学院改名为南京航空航天大学。1997年12月，进入国家“211工程”重点建设的行列。1998年，南京航空航天大学成立江宁校区。2000年，教育部批准设立研究生院。2006年，入选国家大学生文化素质教育基地。2011年，学校入选国家“985工程优势学科创新平台“高校、教育部“卓越工程师教育培养计划”实施高校。2012年5月，学校被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校。12月，中国民用航空局与工业和信息化部在北京签署共建南京航空航天大学。2017年5月，学校与常州市、溧阳市人民政府分别签署了战略合作框架协议、合作办学框架协议，共建南京航空航天大学天目湖校区，学校入选世界一流学科建设高校。12月，南京航空航天大学苏州研究院建设正式启动。2018年3月，学校入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目。11月，学校被教育部公示为第一批中华优秀传统文化传承基地；获评“2018年度全国创新创业典型经验高校”。2019年1月，学校成为工业和信息化部、教育部与江苏省共建的“双一流”建设高校。7月，入选中国高校行星科学联盟。
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