1949年9月25日，中国人民解放军第一兵团卫生学校（原石河子医学院前身）在甘肃兰州成立。1959年11月1日，新疆军区生产建设兵团农学院（原石河子农学院前身）在石河子成立。1959年冬，新疆军区生产建设兵团会计培训队（原新疆生产建设兵团经济专科学校前身）在乌鲁木齐成立。1960年9月，新疆军区生产建设兵团师范专科学校（原新疆生产建设兵团教育学院、师范专科学校前身）在石河子成立。1990年，国务院学位委员会批准石河子农学院为硕士学位授予单位，设立4个硕士学位点：农业水土工程、作物栽培学与耕作学、植物病理学、农业经济管理。1996年9月11日，农业部部属的石河子农学院与石河子医学院、兵团经济专科学校、兵团师范专科学校合并组建成立石河子大学。2000年8月19日，石河子大学列入西部大开发重点建设大学。2001年9月7日，北京大学和石河子大学签订《北京大学对口支援石河子大学暨全方位合作协议书》。2002年4月20日，石河子大学开始招收留学生，首批22名学生来自巴基斯坦。2003年9月8日，国务院学位委员会批准石河子大学为博士学位授予单位，设立作物栽培学与耕作学、动物遗传育种与繁殖、农业经济管理3个博士学位点。2004年5月25日，教育部与新疆生产建设兵团决定共建石河子大学。2004年，石河子大学成为新疆第一个通过教育部本科教学工作水平评估的高校。2005年4月13日，石河子大学化学工程与技术等11个学科纳入教育部“援疆学科建设计划”，接受天津大学、浙江大学、华中科技大学、四川农业大学、西北农林科技大学的支援。2005年6月16日，新疆军区与石河子大学签署依托培养协议，学校开始为部队培养后备军官。2008年12月31日，石河子大学进入国家“211工程”重点建设高校行列。2011年-2014年确定为教育部卓越医生教育培养计划卓越工程师教育培养计划卓越农林人才教育培养计划项目试点高校。
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