高校扣押教师资格证合法吗

一般情况下是不允许的。但是，从学校管理上来说，如果某教师擅自离职、不办理交接手续，或者做出严重损害学校利益的事情、且不到学校处理，作为学校暂扣其证件，也应该是可以理解了。教师如对学校的做法不认同，完全可以去其教育主管部门投诉。

根据劳动法规定公司不允许扣押个人的身份证件和证书。

如果签订的是劳动合同，个人认为这种行为以及约定的2万违约金是违反劳动合同法，意见仅供参考。违反劳动合同法的相关规定。第一，签订劳动合同，不允许扣留相关证件；第二，劳动者提前30日通知用人单位，可解除劳动合同且不能作出苛刻条件的限制（如考编）。此可向劳动行政部门投诉或举报。

从学校管理上来说,如果某教师擅自离职、不办理交接手续,或者做出严重损害学校利益的事情

这个肯定是有原因的，并不会无缘无故就进行一个扣押呀。但是你可以直接进行一个教育局心申诉啊。